公司始终坚持传承与创新的辩证统一，继承传统中医药理论体系和临床基础的精华，积极引进和使用现代科学的理论、技术和方法，创新创造高品质的中药产品和服务。依托北京、广东佛山两个博士后工作站，以国家工程实验室为基础，以中国医药工业研究总院中药分院为平台，以中药新药、中药资源、中药饮片、中药健康产品四个研究中心为基点，公司形成了多学科、多层次的科研格局，专注于中药新药、中药材、中药饮片和中药健康领域的新产品、新技术、新工艺、新设备及质量标准的研究，不遗余力地推进科技创新。

中国中药公司历来十分重视科技创新和技术进步，50多年来一直承担国家中药科研项目管理工作，了解、掌握国家的中药科技政策导向，指导全行业开展科研和企业技术创新、技术改造等工作。拥有第三次全国中药资源普查成果、人工麝香等国家级科研成果。公司承担修订的《北京市中药饮片炮制规范（2008版）》已发布执行，起草的蒸附片、炒附片质量标准经四川省食品药品监督管理局审批通过发布实施，起草的七厘胶囊质量标准已列入2010版药典标准。中国中药阿酚咖片稳定性达到美尊龙凯时典34版的标准要求，制备技术已达到国际水平。